Η περιοχή της Αιξωνής κατοικήθηκε, σύμφωνα με τις ενδείξεις, σε όλες τις περιόδους της αρχαιότητας, από την προϊστορική εποχή ως τα βυζαντινά χρόνια.
Η χερσόνησος της Πούντας περιλαμβάνεται στις θέσεις της Αττικής που κατοικήθηκαν στα νεολιθικά χρόνια (6000 - 2800 π.Χ.) αν και δεν είναι γνωστά κτιριακά λείψανα αυτής της περιόδου. Στην πρωτοελλαδική εποχή (2800 - 2000 π.Χ.) ανήκει τάφος που βρέθηκε κοντά στην παραλία στα νότια της Πούντας. Φαίνεται ότι κάπου εκεί υπήρχε παραθαλάσσιος πρωτοελλαδικός οικισμός με το νεκροταφείο του.
Βέβαιη θεωρείται η ύπαρξη μυκηναϊκού οικισμού, στον οποίο πρέπει να ανήκε νεκροταφείο της υστεροελλαδικής ΙΙΙ Β-Γ περιόδου (1300-1150 π.Χ.), που αποκαλύφθηκε στην Αλυκή, στα ανατολικά της Πούντας. Κτίσματα των μυκηναϊκών χρόνων είχαν καταγραφεί παλαιότερα σε ύψωμα πάνω από τον Αγ. Νικόλαο, στις πλαγιές του Υμηττού, στα αριστερά της χαράδρας του "Γυρισμού". Τα λείψανα αυτά δεν εντοπίστηκαν σε νεότερες έρευνες. Η Αιξωνή θεωρείται ότι αποτελούσε τη δωδέκατη πόλη του Θησέα, της οποίας το όνομα είχε παραλειφθεί από το σχετικό κατάλογο του Φιλόχορου, που διασώζει ο Στράβων. Αγγεία της γεωμετρικής περιόδου (9ος - 8ος αι. π.Χ.), που βρέθηκαν στην Αλυκή μαζί με τα μυκηναϊκά, δείχνουν ότι η κατοίκηση συνεχίστηκε χωρίς διακοπή και μετά το τέλος της Εποχής του Χαλκού.
Κατά τους αρχαϊκούς (7ος-6ος αι. π.Χ.) η Αιξωνή φαίνεται ότι παρουσίαζε τη μορφή αγροτικής κοινότητας. Προς το τέλος του 6ου αι. π.Χ. οι Αιξωνείς, παρακινημένοι μάλλον από την αγροτική πολιτική του Πεισίστρατου, ξεχέρσωσαν και καλλιέργησαν εντατικά τα κτήματά τους.
Κέντρο του οικισμού στους κλασικούς χρόνους γίνεται η περιοχή Πυρνάρι, όπου έχουν αποκαλυφθεί τα περισσότερα λείψανα κατοικιών αυτής της περιόδου. Από εκεί, δίπλα στον Αγ. Νικόλαο, περνούσε η αρχαία οδός προς το Σούνιο, διασχίζοντας το κέντρο του αρχαίου δήμου. Κατά μήκος της εκτείνονταν αξιόλογα κλασικά νεκροταφεία με επιβλητικά ταφικά μνημεία. Ο πληθυσμός, λοιπόν, είχε συγκεντρωθεί στο εσωτερικό, αλλά ποτέ δεν εγκαταλείφθηκε η παραλία, γιατί εκεί βρισκόταν το λιμάνι των Αιξωνέων (στον όρμο προς Β. της Πούντας).
Κατά τη ρωμαϊκή και βυζαντινή περίοδο ο οικισμός απλώθηκε ή μετακινήθηκε προς την περιοχή της Πούντας, όπως δείχνουν σημαντικά οικοδομικά λείψανα των μεταχριστιανικών χρόνων.
Από την αρχαιότητα ως τα τέλη του περασμένου αιώνα η περιοχή Αιξωνή είχε διατηρήσει τον αγροτικό χαρακτήρα της. Ως το 1830 την έκταση της σημερινής Γλυφάδας κάλυπταν δύο συνεχόμενα τούρκικα τσιφλίκια, περιλαμβάνοντας την περιοχή από το Χασάνι ως τη Βούλα και από το δρόμο Αθηνών - Βάρης (στους πρόποδες του Υμηττού) ως τη θάλασσα. Ονομαστή ήταν η Αιξωνή για τη νοστιμιά ενός είδους ψαριού, της Αιξωνικής Τρίγλης, που αλιευόταν στη θάλασσά της. Η αλιεία και οι γεωργικές καλλιέργειες ήταν οι βάσεις της οικονομικής άνθησης της περιοχής, που υπήρξε από τους πλουσιότερους δήμους της Αθήνας